Réseau de recherche sur les ectomycorhizes en Colombie-Britannique

Le site Web du Réseau de recherche sur les ectomycorhizes en Colombie-Britannique (RRECB) regroupe des sections du manuel Concise Descriptions of North American Ectomycorrhizae (CDNAE), de la base de données Ectomycorrhizae Descriptions Database (EDD); du catalogue Photoprofiles of Ectomycorrhizae (POE) et de la base de données Matchmaker for Mushrooms of the Pacific Northwest (MMPNW) ainsi que des liens menant à d’autres sites.

Histoire du RRECB

Le RRECB a été créé dans les années 1990 par un groupe de chercheurs universitaires et gouvernementaux de la Colombie-Britannique qui étudiaient la façon dont les champignons ectomycorhiziens (CEM) étaient affectés par les pratiques forestières et évoluaient avec la succession des peuplements (par exemple, Goodman et Trofymow 1998). À l’époque, la présence des CEM était généralement détectée par le biais d’études sur les fructifications fongiques éphémères (champignons). Toutefois, une méthode axée sur la colonisation fongique des extrémités des racines des arbres, échantillonnables toute l’année, s’imposait pour obtenir une représentation plus complète des communautés de CEM. Les ectomycorhizes pouvaient être évaluées visuellement, photographiées, décrites selon leurs traits et caractéristiques (Ingleby et coll., 1990) et, lorsque possible, leur espèce fongique identifiée. Cette identification se faisait en reliant les hyphes des CEM à un sporocarpe d’une espèce connue ou en extrayant l’ADN de différents types de CEM pour comparer le schéma de polymorphisme de longueur des fragments de restriction de l’ADN des ectomycorhizes avec l’ADN des sporocarpes. Outre les espèces fongiques, les descriptions illustraient également la variation de la morphologie du manteau qui peut fournir des indications sur les caractéristiques fonctionnelles. Reconnaissant la nécessité de partager les renseignements relatifs aux études sur les CEM, les chercheurs du RRECB ont préparé et publié la méthodologie et le premier folio de descriptions dans le manuel CDNAE (Goodman et coll., 1996-2009).

En 2001, à la suite de la publication de plusieurs fascicules du manuel CDNAE, les éditeurs et les contributeurs du manuel ont constaté le besoin d’une version en ligne et d’une base de données synoptique des caractéristiques ectomycorhiziennes pour comparer les différents types ectomycorhiziens (Goodman et coll., 2001). La base de données originale, Database of Descriptions of Ectomycorrhizae (DDE), devait présenter des similitudes avec la base de données DEEMY (Determination of Ectomycorrhizae) et incorporer ses enregistrements (Agerer et Rambold, 1998). DEEMY regroupait surtout de l’information sur des ectomycorhizes européennes rassemblées par Agerer, éditeur du Colour Atlas of Ectomycorrhizae (Agerer, 1987-1998) et des Descriptions of Ectomycorrhizae (Agerer, 1996-1998). La base de données DDE était la principale application sur le sous-site Web du RRECB, qui comprenait également des sections introductives du manuel CDNAE. Une version en ligne du MMPNW a été développée en 2001 en collaboration avec Gibson, l’auteur du programme Windows original (Leary, 2009), afin que les espèces fongiques figurant dans la base de données DDE puissent être reliées aux descriptions de champignons correspondantes dans MMPNW. Le sous-site du RRECB était initialement hébergé sur un site Web collaboratif forestry-dev.org, développé par A. Thomson, qui y avait aussi intégré d’autres applications Web.

En 2006, le site forestry-dev.org a été supprimé en raison de problèmes liés à l’obsolescence des logiciels. En 2007, les membres du RRECB ont soumis des propositions pour développer du contenu supplémentaire et réécrire les applications Web. À cette époque, de nombreuses études ont été financées en Colombie-Britannique pour examiner les solutions de rechange à la coupe à blanc et la façon dont elles pourraient affecter ou aider à maintenir la biodiversité du paysage, y compris celle des champignons ectomycorhiziens. Le sous-site révisé du RRECB, achevé en 2010, comprenait l’ajout de POE, constitué de brèves descriptions, d’images et de données de séquence d’ADN, ainsi que des révisions et ajouts à la base de données EDD, et des mises à jour de la base de données MMPNW. Des liens ont également été ajoutés à la base de données EDD pour les spécimens décrits dans le manuel CDNAE et les POE qui disposaient de données d’accession de séquence d’ADN dans GenBank. La baisse du coût d’obtention des données de séquençage d’ADN et des codes-barres d’ADN spécifiques aux taxons pour les champignons a constitué une avancée importante dans l’identification des CEM au cours de cette période (Janowski et Leski, 2023).

En 2023, l’accès public au site Web forestrydev.org, qui hébergeait le RRECB, a été supprimé en raison de problèmes d’obsolescence logicielle et de sécurité, principalement pour d’autres applications sur le site Web. Une proposition retenue par le programme ForSite du Service canadien des forêts (SCF) en 2024 a conduit à un nouveau projet visant à (1) élaborer et publier sur le serveur des publications de RNCan une version PDF téléchargeable du manuel complet du CDNAE; (2) mettre à jour la base de données EDD avec toutes les descriptions et images de CEM provenant du manuel CDNAE, des POE et du système d’information DEEMY, et réécrire l’application de recherche en PHP; (3) préparer des fichiers PDF individuels pour toutes les descriptions de champignons dans la base de données MMPNW, qui pourraient ensuite être reliées aux espèces fongiques dans la base de données EDD, et éventuellement reliées à la base de données des collections du ministère de l’Agriculture, Victoria, Pathologie forestière (DAVFP) sur les sporocarpes fongiques catalogués. https://cfs.nrcan.gc.ca/herbier

Au fil des ans, le RRECB a donné accès à un ensemble d’applications de bases de données interconnectées et utilisées par des chercheurs et des biologistes régionaux, nationaux et internationaux pour l’identification des espèces de champignons ectomycorhiziennes. Les bases de données sont le fruit d’une collaboration entre des chercheurs du SCF, des agences externes, des établissements universitaires et des sociétés mycologiques. Comme l’exposent les pages suivantes, des organismes subventionnaires externes ont financé une grande partie du travail de recherche et de développement des bases de données et du site Web, le SCF fournissant un portail et un serveur pour rendre le site Web du RRECB accessible au public. https://cfs.nrcan.gc.ca/projets/111

Références

Agerer, R. (éditeur). 1987-1998. Colour atlas of ectomycorrhizae. Einhorn-Verlag.

Agerer, R. (éditeur). 1996-1998. Descriptions of Ectomycorrhizae. Einhorn-Verlag.

Agerer, R. et Rambold, G. 1998. DEEMY: an information system for characterization and determination of ectomycorrhizae, version 1.1. Université de Munchen.

Goodman, D.M., Durrall, D., Trofymow, J.A. et Berch, S. (éditeurs). 1996-2009. A manual of concise descriptions of North American ectomycorrhizae: including microscopic and molecular characterization. Mycologue Publications, Ressources naturelles Canada, Ministère des Forêts de la Colombie-Britannique. https://ostrnrcan-dostrncan.canada.ca/handle/1845/276292

Goodman, D.M. et Trofymow, J.A. 1998. Distribution of ectomycorrhizas in micro-habitats in mature and old-growth stands of Douglas-fir on southeastern Vancouver Island. Soil Bio. Biochem. 30(14):2127-2138. https://doi.org/10.1016/S0038-0717(98)00094-7

Ingleby, K., Mason, P.A., Last, F.T. et Fleming, L.V.1990. Identification of ectomycorrhizas, ITE re-search publication no. 5. HMSO. https://nora.nerc.ac.uk/id/eprint/7646/1/Ectomycorrhiza.pdf

Janowski, D. et Leski, T. 2023. Methods for identifying and measuring the diversity of ectomycorrhizal fungi. Forestry. 96(5): 639-652. https://doi.org/10.1093/forestry/cpad017

Leary, H. 2009. Fungi on EFlora BC. Fungifama. Août:4.

Trofymow, J.A., Goodman, D.M. et Thomson, A.J. 2001. Developing an Online Database of Descriptions of Ectomycorrhizae. J. Ecosyst. Mgmt. 1(1). https://jem-online.org/index.php/jem/article/view/211

Liens

• Mycologue Publications (en anglais seulement)
• L’Herbier de pathologie forestière du Centre de foresterie du Pacifique
• L’Herbier de l’Université de la Colombie-Britannique - Champignons (en anglais seulement)
• MycoMatch (Matchmaker) Mushrooms of the Pacific Northwest (en anglais seulement)